2016年1月，山东中医药大学与青岛市政府签订战略合作协议，合作共建山东中医药大学海洋中药研究院（青岛中医药科学院），位于青岛高新区，由山东中医药大学管理运营。

海药院（青科院）坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在山东中医药大学党委行政的坚强领导和青岛市各级各单位的大力支持下，全面贯彻学校第六次党代会精神，传承精华、守正创新，切实把学校教育教学优势、科学研究优势、中医药文化传承优势、医疗服务优势转化为促进健康产业创新发展的优势，已成为落实全国全省中医药大会精神、推动中医药传承创新发展、带动中医药院校校地融合的样板区。

海药院（青科院）目前在青岛高新区蓝色生物医药产业园内建立了3500平方米的中医药综合研发平台，建有海洋中药研究中心、中医药抗病毒协同创新中心、医学人工智能研究中心、外治新材料研究中心、经方研究工程中心、脉学研究中心六大科研中心和经典药酒研究所。海洋中药学科获批国家中医药管理局高水平中医药重点学科、山东省中医药重点学科，医学人工智能学获批山东省中医药重点学科，平台获批国家中医药管理局海洋中药新药发现与开发重点研究室、山东省新型研发机构和山东省博士后创新实践基地、山东省工程技术中心、山东省高校重点实验室以及青岛市新型研发机构、青岛市技术创新中心、青岛市重点实验室等荣誉资质，国家中医药管理局“中医外治国际合作基地”落户海药院（青科院），推动了中医药的国际合作和交流。

海药院（青科院）新院区以青岛中医药传承创新基地项目为载体，由青岛高新区投资，按照交钥匙工程建设。新院区占地209亩，规划建筑面积约20万㎡，其中一期工程14.8万㎡，预计2024年10月达到交付标准。建成后，将成为集中医药科技创新、人才培养、产业孵化、医疗康养、国际交流为一体的综合性园区。学校负责山东中医药大学青岛海洋中药研究院（青岛中医药科学院）、中医药高端人才培训基地运营，并参与国医堂的合作运营。

海药院（青科院）汇聚各领域优秀人员，形成了结构合理、实力雄厚的人才梯队。大力推进高水平人才队伍建设，吸引聚集了包括国家百千万人才、国家杰出青年、国家突贡专家、中科院百人计划、全国中药特色技术传承人才、泰山学者特聘专家、科技部中青年科技领军人才、全国中药特色技术传承人才、国家博新人才、山东科技领军人才、山东省中医药高层次人才培育项目学术领军人物、山东省中医药高层次人才学术领军人物、山东省名中医（中药）专家、山东省突贡专家、山东省优青山东省优秀科技工作者、海内外特聘专家、国务院特殊津贴专家在内的各类高层次人才。

海药院（青科院）依托学校建设了中药学、中西医结合临床2个博士招生专业方向，药物化学、微生物与生化药学、药理学、药学（专业学位）、中药学、中药学（专业学位）、生物医学工程、电子信息（专业学位）、中西医结合基础9个硕士招生专业方向，招收培养以中医临床、中药研发、医学人工智能优势特色专业为主的高层次博、硕士研究生，2024年毕业生就业率达到100%。

海药院（青科院）大力开展科学研究和成果转化。近3年来，主持国家重点研发计划、国家自然科学基金等国家级课题22项，省自然科学基金，省重点研发计划等省部级课题30项，其中省自然科学基金山东优秀青年基金1项，累计获得经费支持达5290万元。先后获得省部级及以上科技进步奖项6项，厅局级奖项9项，累计发表SCI论文167余篇，核心期刊论文224篇，授权发明专利15项，出版专著、译著13部；密切加强与青岛政府、企业的沟通交流，开展横向合作，开展横向合作35项，与青岛当地多家企业签订战略合作协议，提供技术指导，壮大民营经济、助力乡村振兴；开展海洋中药、中医外治产品、医学人工智能、经典药酒等方面的研究开发和成果转化，完成多项产品的成果转化，并有20余项成果达到转化标准，做到市场与科研的双导向结合，助力地方社会经济发展。